In de tweede helft van de 19e eeuw broedden in Nederland meer dan 1000 paar Lepelaars. Er waren toen grote kolonies waar ook reigers en zilverreigers broedden. Vaak zijn deze kolonies door drooglegging verloren gegaan.

In 1969 waren onder meer door het gebruik van chemische bestrijdingsmiddelen nog maar 148 broedparen over. Na een verbod op deze middelen ging het iets beter, maar de groei ging niet snel genoeg.

Aantal broedparen en kolonies in Nederland

Soortbeschermingsplan
In 1994 waren er 661 broedparen in Nederland en werd door het Ministerie van LNV een soortbeschermingsplan opgesteld met een aantal doelstellingen.
De eerste doelstelling was te komen tot minimaal 1.000 broedparen, in het jaar 2010.
De tweede doelstelling beoogde een betere risicospreiding. Er moesten meer kolonies komen, minimaal 15 maar liefst 20. Door milieuveranderingen, vaak door droogte, werden moeraskolonies plotseling voor grondpredatoren bereikbaar.
Maar ook door extreem hoog water in de kolonies op de kwelders van de Waddeneilanden, kunnen eieren en jongen in één klap worden weggevaagd.

In 1997 werden de doelstellingen al gehaald. In 1999 is het soortbeschermingsplan Lepelaar geëvalueerd met het boek 'Lang leve de Lepelaar' (Vogelbescherming Nederland). Hierin zijn alle beschermingsactiviteiten als een soort verslag gebundeld.

De laatste jaren
In 2004 is het aantal broedparen in Nederland maar liefst gestegen tot 1.671 en kon de vogel van de Nederlandse Rode Lijst van kwetsbare en bedreigde vogels. Maar het blijft een kwetsbare soort, die goed in de gaten moet worden gehouden. Op de internationale Rode Lijst volgens UICN-criteria (Wereldunie voor Natuurbescherming) valt onze Lepelaar onder criterium: NT (Near Threatened) en dat zegt genoeg.

De voedselgebieden die hij nodig heeft zijn uitgestrekt en vaak gevaarlijk ver van de broedplek. Die gebieden zijn moeilijker te beschermen dan een relatief klein broedgebied.
Van alle kanten komen dreigingen, zoals waterpeilverhogingen, bebouwing van weidegebieden, toenemende recreatie, plaatsing van windmolens of nog meer hoogspanningsleidingen en noem maar op. Maar ook hiervoor draagt ons land een verantwoordelijkheid.

De Vogel- en de Habitatrichtlijn zijn richtlijnen van de Europese Unie waarin bepaald wordt welke soorten en natuurgebieden beschermd moeten worden door de lidstaten. De voedselgebieden vallen bij bescherming van natuurgebieden onder de 'externe werking' daarvan.

Er is toestemming nodig voor plannen en projecten die mogelijk negatieve effecten hebben op beschermde natuurmonumenten, Vogelrichtlijngebieden en Habitatrichtlijngebieden. Er wordt dan ook gekeken naar alles wat daarbuiten plaatsvindt en negatieve effecten kan hebben voor de natuurwaarden binnen het beschermde gebied.